Началом многолетнего пути Северо-Осетинской государственной медицинской академии стало 10 июля 1939 года, когда постановлением СНК СССР в г. Орджоникидзе был открыт медицинский институт.
Создание медицинского вуза явилось важной вехой в истории культуры, образования и науки Северной Осетии. С его организацией решилась основная задача подготовки врачей, в которых очень нуждалась не только Северная Осетия, но и другие республики Северного Кавказа. С открытием Северо-Осетинского государственного медицинского института появились широкие возможности для развития медицинской науки, клинической медицины и внедрения в практику новых методов лечения, проведения консультативной помощи населению.
Старинный особняк по улице Бутырина стал первым учебным корпусом, с которого начинал свою жизнь институт. В короткие сроки здесь были размещены теоретические кафедры, и 1 сентября 1939 года 100 первых студентов лечебного факультета приступили к занятиям. В 1940 году Северо-Осетинский государственный медицинский институт получил новую прописку на ул. Пушкинская, 40, улучшилась и его материальная база, были организованы медико-биологические кафедры.
Первые шаги института связаны с именами больших энтузиастов своего дела: С.С. Ханаева — первого ректора, профессоров Н.И. Одноралова, А.Н. Геннадиева, А.Г. Чеховского, В.Е. Робинсона, Н.И. Михайлова, доцентов Н.М. Зангиева, К.К. Попова, О.Б. Собиева. Н.С. Гурциева. Становление вуза было осложнено Великой Отечественной войной. Однако в условиях военного времени, институт не только не уменьшил объема учебных занятий, но и организовал кафедры третьего и пятого курсов. В 1942 году институт пережил эвакуацию в Ереван, где продолжал работать на базе Ереванского медицинского института. Здесь и состоялась первая научная конференция Северо-Осетинского государственного медицинского института. В марте 1943 года по решению правительства в срочном порядке был проведен новый набор студентов на первый курс. В 1943 году СОГМИ вернулся в родной город, и в том же году состоялся первый ускоренный выпуск врачей.
В 1988 году в институте создан факультет усовершенствования врачей. Его первым деканом стал профессор З.Г. Басиев. Организация факультета дала врачам возможность повышать свою квалификацию и тем самым улучшить в целом качество медицинской помощи населению. В 1993 году произведен первый набор на вновь открывшийся стоматологический факультет. С его открытием появилась возможность готовить квалифицированные стоматологические кадры в Северной Осетии. Сегодня факультет располагает собственной мощной клинической базой в виде двух многопрофильных стоматологических поликлиник, оснащенных современным оборудованием и высококвалифицированным профессорско-преподавательским составом.
1995 год стал новой точкой отсчета в биографии института. Приказом Госкомитета РФ по высшему образованию № 286 от 26 февраля 1995 года он получил статус медицинской академии. Это явилось официальным признанием высокого уровня учебной, научно-исследовательской и лечебной работы вуза.